こちらでもロボラボで「別名で保存」を何度かやってみたのですが、ご指摘の状態は再現しなかったです。
うーむ、困りました。

一旦、アンインストールすれば、iniファイルを含めて完全にファイルが消えますので、それからインストールすれば、一番最初の状態に戻るはず、、、です。
再インストールで改善しないとなると、何かロボラボ以外の何か原因じゃないか（もしくは組み合わせ的な問題？）と考えられます。推測だけなのですが。

あと、「メモ帳」みたいなアプリでも「別名で保存」ってありますが、そちらはうまくできますでしょうか。ロボラボでだけ起きる問題なのでしょうか。